Я получаю сообщение об ошибке:
Ошибка в object@promisedInterfaces [[spec $ oModule]] <- spe c: недопустимый тип индекса 'S4' '</p>
когда я использую функцию "MiodinWorkflow" из пакета miodin.
Я использовал следующий код:
mw <- MiodinWorkflow(name = "Lecture 4")
mw <- mw +
downloadRepositoryData(
name = "RNA downloader",
accession = "E-MTAB-7473",
repository = "ArrayExpress",
path = "data",
type = "processed")+
importProcessedData(
name = "RNA-seq importer",
experiment = "sequencing",
dataType = "rna",
studyName = "E-MTAB-7473",
assayName = "RNA-seq",
datasetName = "E-MTAB-7473",
contrastName = "Treatment") %>%
processSequencingData(
name = "RNA-seq processor",
contrastName = "Treatment",
filterLowCount = TRUE)