Ошибка при настройке рабочего процесса из пакета miodin в R - PullRequest
0 голосов
/ 11 апреля 2020

Я получаю сообщение об ошибке:

Ошибка в object@promisedInterfaces [[spec $ oModule]] <- spe c: недопустимый тип индекса 'S4' '</p>

когда я использую функцию "MiodinWorkflow" из пакета miodin.

Я использовал следующий код:

 mw <- MiodinWorkflow(name = "Lecture 4")
  mw <- mw +
    downloadRepositoryData(
      name = "RNA downloader",
      accession = "E-MTAB-7473",
      repository = "ArrayExpress",
      path = "data",
      type = "processed")+
    importProcessedData(
      name = "RNA-seq importer",
      experiment = "sequencing",
      dataType = "rna",
      studyName = "E-MTAB-7473",
      assayName = "RNA-seq",
      datasetName = "E-MTAB-7473",
      contrastName = "Treatment") %>%
    processSequencingData(
      name = "RNA-seq processor",
      contrastName = "Treatment",
      filterLowCount = TRUE)
Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...