GetArrayFromImage - RuntimeError: Подходящий параметр шаблона не найден. Python ИТК - PullRequest
Новая
       39

GetArrayFromImage - RuntimeError: Подходящий параметр шаблона не найден. Python ИТК

0 голосов
/ 19 марта 2020

Я хотел бы спросить вас о Watershad3D. Я попробовал алгоритм с этой страницы https://www.kaggle.com/kmader/itk-watershed-to-label-bubbles Также я использовал их набор данных 

def apply_watershed(in_vol, 
                    threshold = 0.01, 
                    level = 0.5):
    #(A rule of thumb is to set the Threshold to be about 1 / 100 of the Level.)
    Dimension = len(np.shape(in_vol))
    # convert to itk array and normalize
    itk_vol_img = itk.GetImageFromArray((in_vol*255.0).clip(0,255).astype(np.uint8))
    InputImageType = itk.Image[itk.ctype('unsigned char'), Dimension]
    OutputImageType = itk.Image[itk.ctype('float'), Dimension]
    dmapOp = itk.SignedMaurerDistanceMapImageFilter[InputImageType, OutputImageType].New(Input = itk_vol_img)
    dmapOp.SetInsideIsPositive(False)
    watershedOp = itk.WatershedImageFilter.New(Input=dmapOp.GetOutput())
    watershedOp.SetThreshold(threshold)
    watershedOp.SetLevel(level)
    watershedOp.Update()
    return itk.GetArrayFromImage(dmapOp), itk.GetArrayFromImage(watershedOp)

dmap_vol, ws_vol = apply_watershed(bubble_image)

Но я застрял в этом: itk.GetArrayFromImage (watershedOp) Ошибка: строка 248, в _GetArrayFromImage повысить RuntimeError («Не найдено подходящего параметра шаблона.») RuntimeError: Не найдено подходящего параметра шаблона.

Только на: itk.GetArrayFromImage (watershedOp) Это нормально: itk.GetArrayFromImage (dmapOp)

Спасибо за любую помощь!

...