Это можно сделать, указав define
в начале соответствующих исходных файлов. Добавьте уникальный идентификатор к каждой конфигурации сборки и оберните исходный файл с помощью:
#if _MY_IDENTIFER
...
#endif
Если вы хотите более надежный способ, переключитесь, используя nant