Согласно макет проекта Play по умолчанию application.conf, расположенный по адресу conf/application.conf. Поэтому, если вы введете play.api.Configuration, это будет представлять проанализированный и загруженный конфиг из этого файла.
С другой стороны, я полагаю, что Lagom - это библиотека, которая использует стандартную компоновку проекта Maven , которая отличается от макета воспроизведения по умолчанию, в котором src/main/resources является стандартной папкой для таких ресурсов, как конфигурация, поэтому в примере проекта Lagom вы видите application.conf в другой папке, чем в Play.
Что вы можете сделать как опцию: взять play.api.Configuration.underlying и передать вручную код Lagom.
Или продолжать использовать стандартный макет проекта Maven для Play через специальный плагин, представленный после версии 2.6.8: https://www.playframework.com/documentation/2.6.x/Highlights26#PlayService -sbt-plugin- (экспериментальный)
Надеюсь, это поможет!