Я только что узнал, что для utils::download.file режим должен быть установлен для двоичных файлов для Windows. В документации сказано:
Code written to download binary files must use mode = "wb" (or "ab"), but the problems incurred by a text transfer will only be seen on Windows.
Теперь мне интересно, почему проблемы, возникающие при передаче текста, будут видны только на Windows?
Это потому, что R на Unix -подобная ОС не получит параметр, установленный mode (например, функция проверяет ОС, в которой установлен R, и исключит его), или R получит параметры режима и просто не изменит их (так как Unix - одинаковые не различают guish между текстовыми и двоичными файлами).