Каталог, содержащий configure.ac, и, следовательно, где также находится и / или создается сценарий configure, по определению является root исходного дерева проекта. В правильно сформированном проекте Autotools не должно быть никаких артефактов системы сборки вне дерева исходных текстов, потому что содержимое дерева исходных текстов определяет, что будет упаковано и распределено.
Более того, я понимаю и помню, что Eclipse опирается на это при определении логического представления проекта Autotools. Eclipse сталкивается с некоторыми трудностями, пытаясь предотвратить доступ проекта к файлам за пределами пространства, указанного в конфигурации проекта. Меня не особенно удивляет, что он не распознает файл autogen.sh вне дерева исходных текстов, независимо от того, как вы пытаетесь указать его местоположение.
Прежде всего, стоит изучить скрипт автогена, чтобы определить, действительно ли он делает что-то необходимое, чего не делает autoreconf, или же он намеренно пропускает все, что делает autoreconf. Может случиться так, что позволить Eclipse использовать autoreconf вместо autogen.sh будет работать очень хорошо.
Если на самом деле вам нужно Eclipse, чтобы использовать autogen.sh, то, вероятно, ваша лучшая ставка скопировать его в исходный каталог и обновить копию в соответствии с его новым местоположением.