Вам не нужно создавать отдельный скрипт для этого. Одним из возможных решений может быть определение другой переменной (т.е. Installer_x86_x86), и на основе ее значения вы можете создать 32-разрядный установщик как для 64-разрядной, так и для 32-разрядной ОС.
<?if $(var.Installer_x86_x86)="no"?>
<RegistryKey Root="HKLM" Key="SOFTWARE\WOW6432Node\ODBC\ODBCINST.INI\ODBC Drivers">
<RegistryValue Type="string" Name="$(var.ProductNameForRegistyEntry)" Value="Installed"/>
</RegistryKey>
<RegistryKey Root="HKLM" Key="SOFTWARE\WOW6432Node\ODBC\ODBCINST.INI\$(var.ProductNameForRegistyEntry)">
<RegistryValue Type="string" Name="Description" Value="TIBCO ComputeDB ODBC Driver" />
</RegistryKey>
<?else?>
<RegistryKey Root="HKLM" Key="SOFTWARE\ODBC\ODBCINST.INI\ODBC Drivers">
<RegistryValue Type="string" Name="$(var.ProductNameForRegistyEntry)" Value="Installed"/>
</RegistryKey>
<RegistryKey Root="HKLM" Key="SOFTWARE\ODBC\ODBCINST.INI\$(var.ProductNameForRegistyEntry)">
<RegistryValue Type="string" Name="Description" Value="TIBCO ComputeDB ODBC Driver" />
</RegistryKey>
<?endif?>
Было бы лучше, если бы вы создали файл .wxi, поместили в него все свои переменные и включили его в свой файл .wxs, чтобы вам было легко изменить значение переменной перед созданием установщик