Включение (SSI - включение на стороне сервера) помещает все, что в js.htm
inline , в то время как тег script ссылается на внешний файл , не помещая его в строку.
Несмотря на то, что include экономит время загрузки заранее, он не позволяет кешировать javascript браузером, что означает, что он может быть медленнее в долгосрочной перспективе.
Как правило, я бы предложил использовать тег script, ссылающийся на внешний файл.