Поскольку я не знаю структуру вашей таблицы, я напишу общий запрос, настрою его, как вы, sh, и не забудьте импортировать фасад БД.
use Illuminate\Support\Facades\DB;
и запрос :
DB::table('notifications')
->where('notifiable_type', 'App\User')
->where('notifiable_id', $user->id)
->get();
Пожалуйста, изучите вашу базу данных, чтобы увидеть, какие условия запроса вам нужно добавить. Этот запрос получит все уведомления, выданные одному пользователю, независимо от источника, из которого он поступил.