Не удается установить пакет RADammi

Question

Я пытаюсь установить пакет RADammi на R 3.6, используя "devtools", однако я получаю эту ошибку:

Установка пакета в 'C: / Users / taham / Documents / R /win-library/3.6 '(так как' lib 'не указан)

ОШИБКА: зависимости' Biostrings ',' IRanges 'недоступны для пакета' RADami '* удаление' C: / Users / taham /Documents/R/win-library/3.6/RADami'

Ошибка: не удалось установить «неизвестный пакет» с URL: (преобразовано из предупреждения) установка пакета> 'C: / Users / taham / AppData / Local / Temp / RtmpycMnQ2 / remotes11246cb38f0 / RADami 'имеет ненулевой статус выхода.

Это старый пакет, который был удален из CRAN https://rdrr.io/cran/RADami/

как мне установить его?

обновление: наконец-то мне удалось установить две зависимости, используя следующую команду:

if (! RequireNamespace ("BiocManager", спокойно) = ИСТИНА))

install.packages ("BiocManager")

BiocManager :: install ("Biostrings")

BiocManager :: install ("IRanges")

Я скачал zip-архивированный файл RADami и попытался установить пакет, я снова получаю эту ошибку:

install.packages ("C: / Users / taham / Downloads / RADami_1.1-2.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

Установка пакета в ' C: / Users / taham / Documents / R / win-library / 3.6 '(поскольку lib не указан)

• установка source пакета' RADami '.. .

** пакет 'RADami' успешно распакован и проверены суммы MD5

** с использованием поэтапной установки

** R

** data

** inst

** byte-compile и подготовка пакета для отложенной загрузки

Ошибка: объекты 'c .phylo', 'c .multiPhylo 'не экспортируется' пространством имен: ape 'Выполнение остановлено

ОШИБКА: неудачная загрузка не удалась для пакета' RADami '

• удаление' C: / Users / taham / Documents / R / win-library / 3.6 / RADами '

Предупреждение в install.packages:

установка пакета 'C: / Users / taham / Downloads / RADami_1.1-2.tar.gz' имеет ненулевой статус выхода

Я получаю ту же ошибку при использовании devtools

Answer 1

Похоже, вам сначала нужно установить «IRanges» и «Biostrings» из BioConductor:

library(devtools)
install_bioc("IRanges")
install_bioc("Biostrings")

Хотя у них есть и другие зависимости, такие как «S4Vector», которые вам, возможно, придется установить вручную.

Тогда вы сможете установить RADami:

install_url("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/RADami/RADami_1.0-3.tar.gz")