Я думаю написать код, чтобы узнать пустоты на белке. Я хотел бы кратко объяснить мою идею. Когда я читаю файл PDB по python, я могу взять координаты атомов, но я не смог взять связи с точками. Представьте себе случайно разбросанные точки, и мне нужно найти место, которое меньше или вообще не занято на поверхности.
Я думал, что смогу найти это место, используя функции минимизации пимола. Я могу успешно найти центр данных, а иногда и впадины на поверхности. Я пытался сделать максимальное общее расстояние между точкой и всеми остальными атомными точками и запустить этот процесс для различного местоположения белка, чтобы найти каждый отдельный карман.
Например; не более 7 от 10,10,10 балла. работает не более 7 от 25,35,31 балла. это не работает. не более 7 от 24,34,31 балла. это работает.
Я не понимал, что мне нужно, чтобы стабилизировать свой успех для каждого бега.
С уважением, Спасибо