Другой вариант - создать вторую программу, которая проверит сеть на наличие обновленной версии вашего приложения. Давайте назовем эту программу "updater.exe".
Вы можете запускать updater.exe при запуске системы, например, Adobe Reader или Sun Java.
Или, когда ваше приложение запущено, оно может загрузить updater.exe. Если updater.exe найдет обновление, оно может закрыть / выгрузить ваше приложение, загрузить более новую версию, перезапустить ваше приложение и закрыть себя.