Window-based предоставляет вам максимальную гибкость и, вероятно, это то, что вы хотите выбрать после того, как у вас есть пара проектов за плечами. Я обнаружил, что с другими шаблонами я обычно удаляю слишком много кода, и было бы быстрее начать с нуля.
Обычно я настраиваю свои проекты, создавая 4 подпапки в классах: «Представления», «Контроллеры представления», «Объекты модели» и «Помощники». Объекты модели содержат все основные типы объектов, где в качестве помощников содержатся такие вещи, как служебные классы или аналогичные. Иногда, где это уместно, я также создаю папку Table Cells под обоими представлениями и контроллерами представления. Я перемещаю MainWindow.xib в папку Views.
Если проект большой, у меня иногда также будут подпапки для видов и контроллеров представлений на основе вкладок UITabBarController. Так что, если у меня есть 5 вкладок, то в папке Views будет 5 подпапок, как и в папке View Controllers. Я считаю, что это помогает держать все логически вместе в одном месте.
Еще одна вещь, которую я делаю, - это создание папки «Изображения» в разделе «Ресурсы», в противном случае эта папка становится слишком перегруженной очень быстро.