Я не тестировал, но это решение PHP должно работать:
<?php
$my_array = array (3,6,1,8,9) ;
$sql = 'SELECT * FROM table WHERE id IN (3,6,1,8,9)';
$sql .= "\nORDER BY CASE id\n";
foreach($my_array as $k => $v){
$sql .= 'WHEN ' . $v . ' THEN ' . $k . "\n";
}
$sql .= 'END ';
echo $sql;
?>
Это генерирует следующий код SQL:
SELECT * FROM table WHERE id IN (3,6,1,8,9)
ORDER BY CASE id
WHEN 3 THEN 0
WHEN 6 THEN 1
WHEN 1 THEN 2
WHEN 8 THEN 3
WHEN 9 THEN 4
END