В последнем сравнении производительности , о котором я знаю, jQuery побеждает MooTools в IE, и в остальном они сражались друг с другом. Конечно, один год - это огромное количество времени в Javascript, так что это мало говорит об их текущей скорости.
В любом случае, если вы действительно не уверены, что производительность Javascript Framework будет для вас важна, я бы порекомендовал jQuery, который явно стал победителем популярности (см., Например, Google Trends ), что означает лучшую поддержку сообщества , больше глаз и больше разработчиков в долгосрочной перспективе.