Внезапные сбои в R Notebook при работе с большими данными - PullRequest
0 голосов
/ 29 января 2020

Я тщательно искал ответы на этот вопрос, которые мучили меня долгое время, но не нашли никаких решений. Поскольку проблема носит случайный характер, я, к сожалению, не могу привести минимальный воспроизводимый пример.

В записной книжке R (в интерактивном режиме в R Studio) я иногда сталкиваюсь со следующей ошибкой:

cannot open compressed file '/home/my_user/.rstudio-desktop/notebooks/6CD068F3-my_analysis/1/6C3E483C332D2BCE/c3ijbz2c9hida_t/_rs_rdf_5924697c2a9a.rdf', probable reason 'No such file or directory'Error in gzfile(file, "wb") : cannot open the connection

Наблюдения за проблемой:

  • Эта ошибка появляется на первый взгляд случайным образом, что означает, что часть кода может сначала работать нормально, но затем внезапно появляется без изменения кода
  • Когда это имеет Появилось сообщение, что я больше не могу запускать какие-либо команды, пока не перезапущу сеанс R
  • Эта ошибка возникает, когда я работаю с относительно большими наборами данных (~ 100 МБ)
  • После перезапуска все снова работает нормально R сеанс, и, как правило, я могу выполнить анализ, если запустить его в «один go»
  • Эта проблема обычно возникает при повторном запуске определенных частей анализа (например, для отладки некоторых специфических c часть анализа)

Будем весьма благодарны за любые замечания по этому поводу.

Редактировать: После непосредственного опроса сотрудников RStudio был сделан вывод, что это, вероятно, ошибка в RStudio. Это отслеживается здесь: https://github.com/rstudio/rstudio/issues/6260

...