Какую версию inte rnet explorer вы используете?
Inte rnet Explorer 6-9 вообще не поддерживает flexbox.
Inte rnet Explorer 10 поддерживает синтаксис 2012 для flexbox , Таким образом, чтобы заставить это работать между браузерами для IE11 и других браузеров, вы могли бы сделать что-то вроде:
.container {
display: flex;
display: flexbox;
}
Браузеры, которые не поддерживают синтаксис 2012 года, должны игнорировать значение 'flexbox', однако, если IE10 встречает его, оно следует использовать это.
Inte rnet Explorer 11 поддерживает текущий способ использования flexbox. Так что, если вы используете IE11 и столкнулись с этой проблемой, я бы дважды проверил, что ваш CSS не будет неожиданно переопределен
РЕДАКТИРОВАТЬ
Только что увидел, что вы пометили это как IE11 - я бы дважды проверил, что ваши значения где-то не переопределяются. Flex, как известно, глючит в IE11, но я не могу себе представить, что он решил бы переключиться на grid, если он не получал это значение из файла CSS.