Заменить только внутри тега XML; экспорт из Referencer .reflib в формат bibtex с сохранением имен файлов и удалением кодировки URL с помощью команды bash - PullRequest
Новая
       14

Заменить только внутри тега XML; экспорт из Referencer .reflib в формат bibtex с сохранением имен файлов и удалением кодировки URL с помощью команды bash

1 голос
/ 21 января 2010

У меня много ссылок в Referencer. Я пытаюсь включить имена файлов в моем файле bibtex при экспорте из Referencer. Поскольку программное обеспечение не делает этого по умолчанию, я пытаюсь использовать команду sed, чтобы включить имя файла в качестве информации bibtex в файл XML перед экспортом и, таким образом, включить имя файла.

Input 

  <doc>
<filename>file:///home/dwickrama/Desktop/stevenJonesLab/papers/Transcription%20Factor%20Binding/A%20Common%20Nuclear%20Signal%20Transduction%20Pathway%20Activated%20by%20Growth%20Factor%20and%20Cytokine.pdf</filename>
<relative_filename>A%20Common%20Nuclear%20Signal%20Transduction%20Pathway%20Activated%20by%20Growth%20Factor%20and%20Cytokine.pdf</relative_filename>
<key>Sadowski93</key>
<notes></notes>
<bib_type>article</bib_type>
<bib_doi></bib_doi>
<bib_title>A common nuclear signal transduction pathway activated by growth factor and cytokine receptors.</bib_title>
<bib_authors>Sadowski, H B and Shuai, K and Darnell, J E and Gilman, M Z</bib_authors>
<bib_journal>Science</bib_journal>
<bib_volume>261</bib_volume>
<bib_number>5129</bib_number>
<bib_pages>1739-44</bib_pages>
<bib_year>1993</bib_year>
<bib_extra key="pmid">8397445</bib_extra>

Ouput 

  <doc>
<filename>file:///home/dwickrama/Desktop/stevenJonesLab/papers/Transcription%20Factor%20Binding/A%20Common%20Nuclear%20Signal%20Transduction%20Pathway%20Activated%20by%20Growth%20Factor%20and%20Cytokine.pdf</filename>
<bib_extra key="File">article:../Transcription\ Factor\ Binding/A\ Common\ Nuclear\ Signal\ Transduction\ Pathway\ Activated\ by\ Growth\ Factor\ and\ Cytokine.pdf:pdf</bib_extra>
<relative_filename>A%20Common%20Nuclear%20Signal%20Transduction%20Pathway%20Activated%20by%20Growth%20Factor%20and%20Cytokine.pdf</relative_filename>
<key>Sadowski93</key>
<notes></notes>
<bib_type>article</bib_type>
<bib_doi></bib_doi>
<bib_title>A common nuclear signal transduction pathway activated by growth factor and cytokine receptors.</bib_title>
<bib_authors>Sadowski, H B and Shuai, K and Darnell, J E and Gilman, M Z</bib_authors>
<bib_journal>Science</bib_journal>
<bib_volume>261</bib_volume>
<bib_number>5129</bib_number>
<bib_pages>1739-44</bib_pages>
<bib_year>1993</bib_year>
<bib_extra key="pmid">8397445</bib_extra>

Я могу использовать следующую команду sed, чтобы частично сделать то, что я хочу, но кодировка URL "% 20" остается. Как мне избавиться от этого только в теге bibtex? 

sed -e 's/\(\ \ \ \ <filename>file:\/\/\/home\/dwickrama\/Desktop\/stevenJonesLab\/papers\)\([^.]*\)\(\.\?\)\(.*\)\(<\/filename>\)/\1\2\3\4\5\n\ \ \ \ <bib_extra\ key=\"File\">article:\.\.\2\3\4:\4<\/bib_extra>/g' NewPapers.reflib > NewPapers.new.reflib

Ответы [ 2 ]

1 голос
/ 21 января 2010

Regex и sed не очень хорошие инструменты для обработки XML или URL-декодирования.

Быстрый сценарий на более полном языке сценариев сможет сделать это более четко и надежно. Например, в Python: 

import urllib, urlparse
from xml.dom import minidom

doc= minidom.parse('NewPapers.reflib')
el= doc.getElementsByTagName('filename')[0]
path= urlparse.urlparse(el.firstChild.data)[2]
foldername, filename= map(urllib.unquote, path.split('/')[-2:])

extra= doc.createElement('bib_extra')
extra.setAttribute('key', 'File')
extra.appendChild(document.createTextNode('article:../%s/%s:pdf' % (foldername, filename)))
el.parentNode.insertBefore(extra, el.nextSibling)
doc.writexml(open('NewPapers.new.reflib'))

(Я не включил функцию для воспроизведения экранирования обратной косой черты в выходных данных данного примера, так как не совсем ясно, какой это формат. Простейший подход будет filename= filename.replace(' ', '\\ '), но я не уверен, что правильный.)

0 голосов
/ 21 января 2010

все, что вам нужно, это добавить строку после справа ?? Так что просто распечатайте его после поиска. 

#!/bin/bash

s='<bib_extra key="File">article:../Transcription\\ Factor\\ Binding/A\\ Common\\ Nuclear\\ Signal\\ Transduction\\ Pathway\\ Activated\\ by\\ Growth\\ Factor\\ and\\ Cytokine.pdf:pdf</bib_extra>'

awk -vstr="$s" '
/<filename>/{
    print
    print str;next
}
{print}' file
...