Аналитические данные связаны с приложением в проекте, а не с указанным c доменным именем. При добавлении пользовательского доменного имени все, что вы по существу делаете, это добавление псевдонима для существующих приложений. Таким образом, все данные будут (или, по крайней мере, должны) сохраняться.