Knex - это просто построитель запросов, а Sequelize - ORM. Таким образом, Knex просто упрощает процесс создания SQL -запросов для вас, и в Sequelize вы в первую очередь определяете модели, соответствующие вашим таблицам и ассоциациям между ними, и после этого вы работаете с этими моделями, а не с простым SQL. Sequelize заставляет вас думать с точки зрения моделей предметной области, а не просто SQL -запросов.