Просто используйте background-color
для вашего элемента как такового:
<img style="background-color: #F00;" src="my_transparent_logo.png" />
Если вы не хотите делать это в строке, вы можете назначить ему идентификатор (или класс), например:
<img id="logo" src="my_transparent_logo.png" />
и в вашем внешнем файле CSS сделайте следующее:
#logo {
background-color: #F00;
}