Я рекомендую вам использовать умный коммит во всех коммитах, потому что таким образом будет более доступная информация о проблеме, проработанной в Jira. Если вы используете интеллектуальную фиксацию только в слиянии, единственное, что может произойти, это то, что секция фиксации не будет отображаться в задачах Jira.
См. Это изображение