ОПТИМИЗАЦИЯ TABLE в таблице InnoDB не требуется после запуска любого ALTER TABLE, который изменяет размер строки.
ALTER TABLE копирует строки в новое табличное пространство и перестраивает индексы. Это выполнит sh ту же самую дефрагментацию, которую вы надеялись сделать с OPTIMIZE TABLE.