Это может быть связано с тем, как вы добавляете детей в коллекцию. В двунаправленном режиме вы должны управлять обеими сторонами отношений в коде. Рассмотрим пример из Fluent Nhibernate Руководство по началу работы . Проверьте Магазин.
В магазине много сотрудников. Собственность персонала Магазина - это коллекция Сотрудников. Отношения настроены как двунаправленные.
Магазин имеет следующий метод
public virtual void AddEmployee(Employee employee)
{
employee.Store = this;
Staff.Add(employee);
}
Как видите, для свойства childs Parent необходимо установить родительский объект. Если этого не сделать, то Nhibernate не сможет понять, кто является родительским объектом дочернего элемента, и не сможет автоматически сохранить дочерний элемент, если будет изменен только дочерний элемент и вызван SaveOrUpdate (parent).
Вы должны сделать оба.