Вам необходимо объединить таблицу с вашим запросом:
DELETE r
FROM rawdata r INNER JOIN (
SELECT dat, rel, typ
FROM rawdata
GROUP BY dat, rel, typ
HAVING (COUNT(dat) > 1) AND (COUNT(rel) > 1) AND (COUNT(typ) > 1)
) t on t.dat = r.dat AND t.rel = r.rel AND t.typ = r.typ