Это зависит от того, как вы развернете его сейчас. Но лучший подход - это создать файл docker compose, который создает ваши модули (flask и angular) как два отдельных сервиса. Вы не должны упаковывать их как одну услугу. Но опять же, этот подход во многом зависит от структуры вашего проекта.