Для меня это работает, например Узел алгоритма из xmlmodel добавляется в узел ProjectionParameters из xmltemplate.
Я предполагаю, что вы хотите изменить сам файл. С вашим кодом изменяется только объект в памяти, а не файл на диске. Если вы хотите изменить файл, добавьте эту строку в конце:
xmltemplate.writexml(file("PATH_TO_OUTPUT_FILE.xml","w"))
P.S .: Может быть, вы получите больше ответов, когда улучшите свой показатель принятия.