Как я могу получить два файла генотипа и файл фенотипа со скриптом read.cross в r? - PullRequest
0 голосов
/ 24 февраля 2020

Я хочу сделать анализ QTL. В первом скрипте: read.cross У меня проблема. Суффикс данных моего генотипа "csvs", но для данных фенотипа "csv". Другое дело, что в данных генотипа sep=";" dec=",", но в данных фенотипа sep="," dec=". "

я использую этот скрипт:

options(contrasts=c("contr.sum", "contr.poly"))
trellis.device(device = postscript,color = T)
QTL_LR4_cadmium_root_length<-read.cross("csvs", genfile="R44_CM_2007_geno.csvs", 
                                        phefile="Phenotype_root _length.csv",
                                        na.strings = TRUE, sep=";", dec=",")

, и я получил эту ошибку:

Ошибка в read.cross.csvs (dir, genfile, phefile, na.strings, genotypes,: не удается найти отдельный столбец идентификатора (ожидаемый 'ID') в файле фенотипа. **

Я не знаю, эта ошибка из-за различий в сентябре и де c в genfile и phefile или из-за различий в суффиксах csvs и CSV или для обоих.

Что мне делать?

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...