Вы можете выполнить sh это 2 различными способами.
1) вы можете открыть 3 отдельные командные строки и одновременно запустить / контролировать все 3 приложения
2) вы можете настроить crontab чтобы запустить их
Это можно сделать, набрав crontab -e
/1 * * * * node /var/www/sites/example2.com/a/server.js
/1 * * * * node /var/www/sites/example2.com/b/server.js
/1 * * * * node /var/www/sites/example2.com/c/server.js