Код представляется смесью противоречивых подходов, направленных на достижение одной и той же цели.
Например:
List<String> dnaList = new LinkedList<String>();
Node head;
Node next;
С одной стороны, Первая строка в этом примере предполагает, что вы пытаетесь использовать LinkedList из стандартной библиотеки Java.
С другой стороны, следующие две строки свидетельствуют о попытке иметь собственную реализацию структуры данных связанного списка.
Есть и другие примеры того, почему этот код не работает, я считаю, что он достаточно убедителен.
Вообще, чтобы избежать хаотического c подхода к написанию всей программы за один раз (Рим не был построен за один день!), Я настоятельно рекомендую работать с одним небольшим битом за раз и писать тесты для каждого бита.
Я продемонстрирую предложенный подход и пошагово перейду к вашему списку:
- Сначала он получает цепочку ДНК в виде строки и помещает всю Строка в первом узле LinkedList.
По всей вероятности, вы не хотите хранить всю строку в одном узле. Что вам действительно нужно - это сохранить символ (который представляет собой всего одну букву, тогда как строка представляет собой последовательность букв).
public class DNAStrand {
Node head = null;
public DNAStrand(final String dnaStrand) {
if (dnaStrand.isEmpty()) {
return;
}
// Initialise the first node of a list
Node currentNode = new Node(dnaStrand.charAt(0));
// Assign the first Node to `head`
head = currentNode;
// Iterate through the rest of string storing remaining characters
for (int i = 1; i < dnaStrand.length(); i++) {
final Node nextNode = new Node(dnaStrand.charAt(i));
currentNode.next = nextNode;
currentNode = nextNode;
}
}
private static class Node {
public Node next;
public char value;
public Node(char s) {
value = s;
next = null;
}
}
// Tests are located below this line
private static void testDnaStrandIsPlaceDInTheFirstNodeOfLinkedList() {
final DNAStrand dnaStrand = new DNAStrand("acgt");
if (dnaStrand.head == null) {
throw new AssertionError("The head is null after creating an object from a string");
}
List<Character> actualString = new ArrayList<>();
Node listPointer = dnaStrand.head;
do {
actualString.add(listPointer.value);
listPointer = listPointer.next;
} while (listPointer != null);
if (!"acgt".equals(actualString.stream().map(String::valueOf).collect(Collectors.joining()))) {
throw new AssertionError("Wrong value in the first node, expected: 'agct;, got: "
+ dnaStrand.head.value);
}
}
public static void main(String[] args) {
testDnaStrandIsPlaceDInTheFirstNodeOfLinkedList();
}
}
Метод main в моем примере выполняет тест testDnaStrandIsPlaceDInTheFirstNodeOfLinkedList. Этот тест гарантирует, что простой контракт будет выполнен. По мере того, как код становится больше, вам лучше добавлять больше тестов, чтобы не нарушать старые функции и доказать, что новый код работает хорошо.
- Чем он ищет определенную c последовательность ферментов в цепочке (String in the node) (в то время как l oop в cutAndConnect)
- Затем необходимо отрезать строку в этой точке, а в конце фермента - вырезать энзим вышел.
- Затем ему нужно поместить соединение в новый узел, а ту часть цепи (String), которая появилась после последовательности фермента в другом новом узле.
- И это необходимо сделать это для всей цепи, поэтому для всех случаев, когда в цепи встречается указанная c последовательность фермента.
По сути, это описание одного метода. Я добавлю cutAndConnect(), который выполняет то, что вы просите, вместе с тестами, которые объясняют / доказывают, что это работает.
public class DNAStrand {
Node head = null;
public DNAStrand(final String dnaStrand) {
if (dnaStrand.isEmpty()) {
return;
}
head = stringToListNodes(dnaStrand);
}
private static class Node {
public Node next;
public Node previous;
public char value;
public Node(char character, final Node previousNode) {
this.value = character;
this.next = null;
this.previous = previousNode;
}
}
private Node stringToListNodes(final String string) {
// Initialise the first node of a list
Node currentNode = new Node(string.charAt(0), null);
// Assign the first Node to `head`
final Node head = currentNode;
// Iterate through the rest of string storing remaining characters
for (int i = 1; i < string.length(); i++) {
final Node nextNode = new Node(string.charAt(i), currentNode);
currentNode.next = nextNode;
currentNode = nextNode;
}
return head;
}
public void cutAndConnect(final String enzyme, final String linker) {
if (linker.isEmpty()) {
throw new IllegalArgumentException("Linked can't be empty");
}
Node potentialEnzymeStart = head;
while (potentialEnzymeStart != null) {
Node currentNode = potentialEnzymeStart;
boolean dismatchFound = false;
for (char enzymeSymbol : enzyme.toCharArray()) {
if (enzymeSymbol != currentNode.value) {
dismatchFound = true;
break;
}
currentNode = currentNode.next;
}
if (!dismatchFound) {
// The enzyme does match the sequence
// The DNA has the following structure <left piece> <enzyme> <right piece>. Find the left and right piece nodes
Node leftPieceEnd = potentialEnzymeStart.previous;
if (leftPieceEnd == null) {
// Replace the current head
head = stringToListNodes(linker);
} else {
// Simply connect a node of a doubly linked list
final Node linkedInAFormOfList = stringToListNodes(linker);
leftPieceEnd.next = linkedInAFormOfList;
linkedInAFormOfList.previous = leftPieceEnd;
}
Node connectionPoint = leftPieceEnd == null ? head : leftPieceEnd.next;
for (int i = 0; i < linker.length() - 1; ++i) {
connectionPoint = connectionPoint.next;
}
Node rightPieceStart = potentialEnzymeStart;
for (int i = 0; i < enzyme.length(); ++i) {
rightPieceStart = rightPieceStart.next;
}
if (rightPieceStart != null) {
connectionPoint.next = rightPieceStart;
rightPieceStart.previous = connectionPoint;
}
}
potentialEnzymeStart = potentialEnzymeStart.next;
}
}
// Tests are located below this line
private static void testDnaStrandIsPlaceDInTheFirstNodeOfLinkedList() {
final DNAStrand dnaStrand = new DNAStrand("acgt");
if (dnaStrand.head == null) {
throw new AssertionError("The head is null after creating an object from a string");
}
List<Character> actualString = new ArrayList<>();
Node listPointer = dnaStrand.head;
do {
actualString.add(listPointer.value);
listPointer = listPointer.next;
} while (listPointer != null);
if (!"acgt".equals(actualString.stream().map(String::valueOf).collect(Collectors.joining()))) {
throw new AssertionError("Wrong value in the first node, expected: 'agct`, got: "
+ dnaStrand.head.value);
}
}
private static void testCutAndConnectCutEntireDNAString() {
final DNAStrand dnaStrand = new DNAStrand("acgt");
dnaStrand.cutAndConnect("acgt", "a");
if (dnaStrand.head == null) {
throw new AssertionError("The head of a list must not be null");
}
if (dnaStrand.head.value != 'a') {
throw new AssertionError("The head of the list contains wrong value, expected: 'a`, got: " +
dnaStrand.head.value);
}
if (dnaStrand.head.next != null) {
throw new AssertionError("The list must have the length 1");
}
}
private static void testCutAndConnectCutTheMiddleOfDNAString() {
final DNAStrand dnaStrand = new DNAStrand("acca");
dnaStrand.cutAndConnect("cc", "g");
List<Character> actualString = new ArrayList<>();
Node listPointer = dnaStrand.head;
do {
actualString.add(listPointer.value);
listPointer = listPointer.next;
} while (listPointer != null);
if (!"aga".equals(actualString.stream().map(String::valueOf).collect(Collectors.joining()))) {
throw new AssertionError("Wrong value in the list, expected: 'aga`, got: "
+ dnaStrand.head.value);
}
}
private static void testCutAndConnectCutMultipleOccurrencesOfAnEnzyme() {
final DNAStrand dnaStrand = new DNAStrand("accacca");
dnaStrand.cutAndConnect("cc", "g");
List<Character> actualString = new ArrayList<>();
Node listPointer = dnaStrand.head;
do {
actualString.add(listPointer.value);
listPointer = listPointer.next;
} while (listPointer != null);
if (!"agaga".equals(actualString.stream().map(String::valueOf).collect(Collectors.joining()))) {
throw new AssertionError("Wrong value in the list, expected: 'agaga`, got: "
+ dnaStrand.head.value);
}
}
public static void main(String[] args) {
testDnaStrandIsPlaceDInTheFirstNodeOfLinkedList();
testCutAndConnectCutEntireDNAString();
testCutAndConnectCutTheMiddleOfDNAString();
testCutAndConnectCutMultipleOccurrencesOfAnEnzyme();
}
}
Я добавил больше тестов, тесты довольно хороши для описания того, что происходит. Я бы посоветовал начать с них читать.
Похоже ли это на то, чего вы хотели достичь?
В целом, вопрос, который вы разместили, не соответствует критериям StackOverflow. Просто потому, что это не вопрос, а скорее «мой код не работает»:)
В следующий раз попытайтесь сузить сферу своего вопроса и приведите минимальный пример кода.