Прежде чем ответить на ваш вопрос, я хочу отметить, что вы НЕ ДОЛЖНЫ ЭТОГО , потому что вы разрешаете каждому загружать исполняемый файл и запускать его. Что, если у меня плохие намерения?
Сейчас. Вы хотите выполнить файл, скомпилированный, я думаю, для платформы Windows. Является ли машина, на которой размещено ваше приложение, Windows машиной? Если да, вы можете использовать Runtime.getRuntime().exec(...) для запуска команды cli, которая выполняет файл.