Entity Framework является многофункциональным и активно расширяется и продвигается Microsoft.
Linq To Sql имеет плохую функциональность и не продвигается Microsoft.
Linq To Sql имеет некоторые функции, которых нет в Entity Framework (v4).
Риски использования Linq To Sql в проекте намного выше, чем риски при использовании EF v4, но вы можете выбрать любой из вариантов.
Что касается EF v1 / v3.5, старайтесь избегать его (но, вероятно, будет гораздо проще перейти с EF 3.5 на EF 4, чем с L2S на EF 4).