В AWS Lambda нет возможности защитить паролем zip-файлы, используемые для функций.
Вам необходимо настроить свои разрешения IAM , чтобы они не могли получить доступ к функции Lambda например, добавление политики Deny
для этой функции.
В качестве альтернативы можно сохранить чувствительные лямбда-функции в другой AWS учетной записи , к которой они не имеют доступа, затем вызвать кросс-счет лямбда-функции.