R write.table добавить файл данных в существующий файл - PullRequest
Новая
       30

R write.table добавить файл данных в существующий файл

0 голосов
/ 12 апреля 2020

Я записываю в выходной файл строку (str), а затем фрейм данных. Но данные перезаписывают первую строку даже при добавлении = ИСТИНА. 

rgb_file <- file("/Path/output/rgb.bed")
header_rgb="track\ttype=bed\tname=merged_replicates_paste_pPGK_input\titemRgb=on\n"
write(header_rgb, rgb_file, sep = '')
write.table(df, rgb_file, quote = FALSE, row.names = FALSE,col.names = FALSE,sep = "\t",append = T)

Файл после записи первой строки: 

head rgb.bed 
track   type=bed    name=merged_replicates_paste_pPGK_input itemRgb=on

Файл после записи df с добавлением = ИСТИНА 

head rgb.bed 
chr1    4457336 4457386 region_1    1   +   4457336 4457386 1,0,0
chr1    4457386 4457436 region_1    1   +   4457386 4457436 0,26,0
chr1    4457436 4457486 region_1    1   +   4457436 4457486 0,25,0
chr1    4457486 4457536 region_1    1   +   4457486 4457536 0,35,0

Я что-то не так делаю? Есть ли другой способ написать первую строку, а затем добавить datafrmae в файл?

1 Ответ

0 голосов
/ 12 апреля 2020

Это решило проблему. Он печатает первую строку символов, а затем фрейм данных 

cat(header_rgb, file ='/path/output/rgb.bed')
fwrite(x = df,
       file = '/path/output/rgb.bed',
       sep = "\t",
       col.names=F,
       append=T)

Я позволю это здесь, если это кому-то нужно.

...