Если это шар, то теоретически он должен иметь траекторию параболи c, вы можете попытаться подогнать кривую, игнорируя (-1, -1), а затем заменить пропущенные значения.
Что-то вроде ...
import numpy as np
pointList = [(60, 40), (55, 42), (53, 43), (-1, -1), (-1, -1), (-1, -1), (35, 55), (30, 60)]
x, y = list(zip(*[(x, y) for (x, y) in pointList if x>0]))
fit = np.polyfit(x, y, 2)
polynome = np.poly1d(fit)
# call your polynome for missing data, e.g.
missing = (55 - i*(55-35)/4 for i in range(3))
print([(m, polynome(m)) for m in missing])
, дающее ...
[(55.0, 41.971982486554325), (50.0, 44.426515896714186), (45.0, 47.44514924300471)]