Сохраните счетчик над функцией и назовите входы с ним по имени, может быть, что-то вроде этого
var counter = 0;
function add() {
var counter = 0;
var newInput = document.createElement("input");
var i = (counter == 0) ? '' : counter;
var referenceInput = document.querySelector('#rajout' + i);
counter++;
newInput.id = 'rajout' + counter;
referenceInput.after(newInput);
}
Обновил ответ, добавив немного более полное решение (извините за последнее)