Вы имеете в виду такой сценарий: у вас есть система, в которой нет библиотеки mysql, но вы хотите иметь возможность общаться с сервером mysql. Для этого вы хотите использовать PHP в качестве прокси для связи с базой данных?
Если ваша существующая система может выполнять http-запросы, вы можете создать в php службу restful и получить доступ к этой службе restfull. PHPRest может быть то, что вы ищете.
Имейте в виду, что это, вероятно, медленно по сравнению с прямым вызовом базы данных.