R-дерево в 2000 измерениях, вероятно, будет намного хуже, чем последовательное сканирование. Лучше всего было бы сохранить данные таблицы в индексе в формате, предварительно организованном для скорости вычислений, а затем посвятить себя сканированию всего индекса. Это то, что индексы Блума делают (В принципе, при полном сканировании индекса. Организация и вычисление данных, конечно, разные.)