Вы можете выполнить условное агрегирование:
select
email,
max(website_id = 1) website_1,
max(website_id = 2) website_2,
max(website_id = 3) website_3,
max(website_id = 4) website_4
from customer_entity
group by email
having count(*) > 1
order by email
Обратите внимание, что это упрощает ваш исходный запрос - здесь не требуется самостоятельное объединение.
Кроме того, это помещает значения 0/1 в каждый столбец, который указывает, существует ли данный адрес электронной почты для этого веб-сайта - я считаю, что это более важно, чем повторение идентификатора веб-сайта в столбце.