утилита командной строки pymatgen - PullRequest
Новая
       63

утилита командной строки pymatgen

0 голосов
/ 20 марта 2020

Я установил пакет python pymatgen, и он отлично работает, когда я использую его в своих ноутбуках Jupyter. Однако теперь я хотел выполнить настройку POSCAR, как указано здесь: https://pymatgen.org/installation.html Но когда я запускаю: pmg config -p <EXTRACTED_VASP_POTCAR> <MY_PSP> (с моими каталогами) в моей командной строке (Linux), он не может найти его, и я получаю ошибку: 

Command 'pmg' not found, did you mean:

  command 'mg' from deb mg
  command 'pmc' from deb linuxptp
  command 'pig' from deb bsdgames
  command 'pmi' from deb powermanagement-interface
  command 'pmw' from deb pmw
  command 'vmg' from deb vmg
  command 'pms' from deb pms
  command 'pm' from deb powerman
  command 'peg' from deb peg

РЕДАКТИРОВАТЬ: я нашел файл "pmg", он выглядит следующим образом: 

#!/home/ramfrey/anaconda3/bin/python

# -*- coding: utf-8 -*-
import re
import sys

from pymatgen.cli.pmg import main

if __name__ == '__main__':
    sys.argv[0] = re.sub(r'(-script\.pyw?|\.exe)?$', '', sys.argv[0])
    sys.exit(main())

Если я запускаю python pmg, я получаю ошибка: 

Traceback (most recent call last):
  File "pmg", line 7, in <module>
    from pymatgen.cli.pmg import main
ImportError: No module named pymatgen.cli.pmg

Но этот точный модуль "pymatgen.cli.pmg" я могу без проблем импортировать в свой блокнот jupyter. И я до сих пор не понимаю, как в руководстве по установке написано, что нужно запустить «pmg config…»

1 Ответ

0 голосов
/ 21 марта 2020

Проблема заключалась в том, что я использовал неправильную python версию для запуска pmg-script (Это был рабочий компьютер с множеством разных python версий, и я использовал python 3.7.6, но была старый python 2.7 установлен по умолчанию, который использовался, когда jus запускал "python pmg"). Я запустил conda activate base в моем / home / username / anaconda3, а затем python pmg etc., и это сработало.

...