Есть настройки, которые я просто хочу изменить из программы, я не хочу, чтобы файл был изменен, поэтому я хочу изменить путь к файлу или попытаться скрыть его. Есть ли способ?
Сделайте их пользовательскими областями, а затем не сохраняйте настройки (или не устанавливайте для них значения по умолчанию перед сохранением настроек)
Настройки пользовательской области хранятся в скрытом файле / папке под профилем пользователя. папка в любом случае. В файле YourAppName.config вместе с EXE-файлом находятся только настройки Application Scoped. Настройки области применения не могут быть изменены во время выполнения
См. Также Почему настройки приложения доступны только для чтения в app.config?