Это работает (обработка исключений опущена):
KeyStore keyStore = KeyStore.getInstance(KeyStore.getDefaultType());
keyStore.load(null);
// Ommitted: Code to add certificates explictly from file
final KeyStore androidCAStore = KeyStore.getInstance("AndroidCAStore");
androidCAStore.load(null);
final Enumeration<String> androidCAStoreAliases = androidCAStore.aliases();
while (androidCAStoreAliases.hasMoreElements()) {
final String param = androidCAStoreAliases.nextElement();
keyStore.setEntry(param, androidCAStore.getEntry(param, null), null);
}