Вы можете использовать следующие методы.
ArrayList<String> ids = new ArrayList<>();
ckbox.setOnCheckedChangeListener(new CompoundButton.OnCheckedChangeListener() {
@Override
public void onCheckedChanged(CompoundButton buttonView, boolean isChecked) {
if (ids.contains(yourid)){
ids.remove(yourid);
}else {
ids.add(yourid);
}
}
});