При сообщении о времени ЦП, профилировщик будет сообщать о времени, потраченном самой JVM (возможно, включая системное время).
Время ЦП, используемое (скажем) браузером, не должно учитываться во времени ЦП колонка. Если это было / есть, тогда заголовок столбца должен быть "истек" или "реальным" временем.
Если вы не уверены в этом, напишите несколько простых тестовых программ и профилируйте их:
Посмотрите, что сообщает профилировщик, когда ваше приложение вызывает Thread.sleep(....)
Посмотрите, что профилировщик сообщает, когда ваше приложение блокирует во время чтения строки из System.in
.