Если предположить, что подсчет 5 корзин не рассчитан, оставшиеся предметы будут иметь оценку 0.
import pandas as pd
import numpy as np
cid = np.arange(1,1001)
score = np.zeros(1000, dtype=int)
values = np.random.randint(0,100,1000)
df = pd.DataFrame({'CID':cid, 'Values':values, 'Score':score})
df.loc[df['Values'] == 1, 'Score'] = 1
for i in range(2,6):
mean = df.loc[df['Score'] ==0, 'Values'].mean()
df.loc[(df['Score'] == 0) & (df['Values']<mean), 'Score'] = i
print(df)