Просто укажите ссылку на документ во вложенной коллекции, создав путь, используя идентификаторы коллекций и документов (вы заполняете их по мере необходимости):
const ref = firestore.collection(...).doc(...).collection(...).doc(...)
Затем удалите его с помощью delete () :
ref.delete()
delete()
вернуть обещание, поэтому вам следует проверить его на наличие ошибок.