Это происходит потому, что файлы уже отслеживаются git.
Так что вам нужно удалить их из репо.
Чтобы удалить один файл ...
git rm README.md
Чтобы удалить папку ...
git rm -rf Pods
После того, как вы это сделаете, вам нужно будет зафиксировать перейдите в репозиторий, и эти файлы / папки больше не будут отслеживаться, если они перечислены в файле .gitignore
.
git add .
git commit -am 'refactor: remove un needed files'
git push
Чтобы рекурсивно удалить все папки DS_Store из репозитория, выполните
find . -name '.DS_Store' -type f -delete