Может быть, вы можете использовать DataDirectory-Property для запуска из Exe-Path:
Data Source=|DataDirectory|../app/database/dbFile.db;Version=3
или
Data Source=jdbc:sqlite:../app/database/path.db;Version=3
Edit: После некоторого поиска в Google я обнаружил, что это, вероятно, выигралот работа.в противном случае я бы выбрал решение Striders, устанавливающее свойство во время выполнения.