Я хотел представить свои данные в форматах bedgraph и bed bed, используя функции plotBedGraph и plotBed пакета Sushi. Я создал оба файла из моих файлов BAM, используя Bedtools. Кроме того, я запустил наборы примеров данных, предоставляемые пакетом Sushi, чтобы проверить, присутствует ли и работает ли мой пакет и его зависимости, и все ли работает нормально. Я импортировал файл с моим графом и использовал функцию plotBedgraph для построения набора данных следующим образом:
# import bedgraph file
```A24H1.bedgraph <- read.delim("A24H1.bedgraph", header = FALSE)```
# rename colnames according to Sushi example dataset
```colnames(A24H1.bedgraph) <- c("chrom", "start", "end", "value")```
# plot data
```chrom = "Chr"```
```chromstart = 0```
```chromend = 10835```
```plotBedgraph(A24H1.bedgraph,chrom,chromstart,chromend,colorbycol = SushiColors(5))```
# the function produced the following error:
[1] "not enough data within range to plot"
Я проверил структуру файла с моим графом следующим образом:
```str(A24H1.bedgraph)```
'data.frame': 6162 obs. of 4 variables:
$ chrom: Factor w/ 1 level "TBEV_Hypr_(TEU39292)": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
$ start: int 0 1 4 16 17 18 24 25 26 27 ...
$ end : int 1 4 16 17 18 24 25 26 27 28 ...
$ value: int 5 6 10 8 5 8 11 55 57 58 ...
Структура графического изображения соответствует это пример файла простыни, предоставленного пакетом Суши. Я также извлек сопоставленные чтения из моего bamfile и отобразил их в Geneious, чтобы убедиться, что чтения фактически соответствуют моей ссылке, поэтому я знаю, что для отображения достаточно чтений.
Кроме того, при использовании plotBed возникла ошибка функция:
# import bedgraph file
```A24H1.bed <- read.delim("A24H1.bed",header = FALSE)```
# rename colnames according to Sushi example dataset
```colnames(A24H1.bed) <- c("chrom", "start", "end", "name", "score", "strand")```
```chrom = "Chr"```
```chromstart = 0```
```chromend = 10833```
```plotBed(beddata = A24H1.bed,chrom = chrom,chromstart = chromstart,chromend = chromend,colorby = A24H1.bed$strand,colorbycol = SushiColors(2),row = "auto",wiggle = 0.001)```
# the function produced the following error:
Error in seq.default(min(vec), max(vec), length.out = num) :
'from' must be a finite number
In addition: Warning messages:
1: In min(vec) : no non-missing arguments, returning NA
2: In max(vec) : no non-missing arguments, returning NA
Additionally, I also checked the structure of my bed file as follows:
``` str(A24H1.bed)```
'data.frame': 49000 obs. of 6 variables:
$ chrom : chr "TBEV_Hypr_(TEU39292)" "TBEV_Hypr_(TEU39292)" "TBEV_Hypr_(TEU39292)" "TBEV_Hypr_(TEU39292)" ...
$ start : int 0 0 0 0 0 1 4 4 4 4 ...
$ end : int 17 17 42 16 16 17 36 36 36 36 ...
$ name : chr "HISEQ:1014:CCU0AANXX:1:1107:9256:84705" "HISEQ:1014:CCU0AANXX:1:1109:3798:5998" "HISEQ:1014:CCU0AANXX:1:1307:20106:47604" "HISEQ:1014:CCU0AANXX:1:1310:6646:43722" ...
$ score : int 255 255 255 255 255 255 255 255 255 255 ...
$ strand: chr "+" "+" "+" "-" ...
Я начинающий R, и я не знаю, как еще я могу найти, где проблема. Я буду рад любому совету, так как я много часов гуглюл по подобным вопросам, и, похоже, ни у кого больше нет проблем с этими функциями суши. Спасибо