У меня загружено 29 сценариев в среде разработки, и совсем недавно я начал видеть проблемы с файлами, которые не загружаются и прочее.
Но если вы пишете приложение на основе iframe, то я не могу понять, почему / как facebook будет ограничивать количество загружаемых файлов JS. Проверьте задержку в сети, потому что при очень медленном соединении facebook может попытаться перезагрузить всю страницу и в процессе перезапустить все ваши статические ресурсы, если они не кэшируются.
Кэши браузера также могут быть фактором. Firefox 3.6 очень агрессивно кеширует и, честно говоря, он имеет больше глюков, чем что-либо еще. Поэтому убедитесь, что ваши неполные файлы js уже кэшированы браузером.